Beja (Portugese IPA: [ˈbɛʒɐ]; Arabisch: Bāja) is een stad en gemeente in het gelijknamige Portugese district Beja. De gemeente heeft een totale oppervlakte van 1147 km2 en telde 35.762 inwoners in 2001.
eja werd in 713 veroverd door de Omayyaden onder Musa ibn Nusayr. In 1150 kwam de stad aan de Almohaden-dynastie uit Marokko. Troepen uit Santarém, onder leiding van Fernão Gonçalves, bestormden in 1162 namens Alfons I van Portugal met succes Beja, dat in 1159 reeds tweemaal ingenomen was. In 1175 werd de stad wederom veroverd door de Almohaden maar kwam uiteindelijk in 1232 definitief in handen van de Portugezen.